鎌倉時代（1203年）由佛師快慶建造的。
騎著獅子的文殊菩薩像在中間，菩薩的右側分別是維摩居士（最勝老人）和須菩提（佛陀波利三藏）、左側分別是牽著獅子韁繩的優填王和作為向導的善財童子。伴隨著四位脇侍的這組「渡海文殊群像」，顯示出穿越雲海，為眾生驅除魔障、前往傳授智慧的佈道傳道之旅的形象。
五座雕像全部被指定為國寶。
作為祈禱學業有成以及驅邪消災保平安的菩薩而被信仰。

文殊菩薩騎著獅子，左手拿著象徵慈悲和慈愛的蓮花，右手緊握降魔寶劍。根據文殊菩薩體內的墨跡文字可以判明是建仁三年（1203）的大佛師快慶的作品。
極彩色（日本畫的技法之一）的木雕騎獅像，高約7尺是日本最大的。

善財童子 / 國寶

站在文殊菩薩左側的善財童子，是在《華嚴經》入法界品中登場的單純可愛的童子。他是因接受文殊菩薩的教導並參訪了53位善知識（智者）最終修成正果而廣為人知。
在渡海文殊群像中擔任向導的角色，臉部雖然面向正前方，但實際上他應該是被文殊菩薩召喚，回頭注視文殊菩薩的形象。

金閣浮御堂·靈寶館是供奉開運弁財天（大和七福神）、安倍仲麻呂、安倍晴明的尊像，安倍晴明的尊畫軸等陰陽道相關寶物的佛堂。
佛堂內六面的牆上供奉著秘藏佛像十二天的尊畫軸（室町時代）。
十二天是掌管四方（東·西·南·北）和四角（東北·東南·西北·西南）的八方、以及天和地、日和月，所有的方位的守護神。
在每年春夏秋冬的寺寶展上會公開秘藏佛像十二天軸。

弁財天像 / 室町時代 / 大和七福神本尊

驅除災厄廣招福運的神佛。
是屬於大和七福八寶靈場的弁財天。此姿勢被叫做八臂弁天，
擁有八條手臂，有十五個作為儒者的童子隨侍，據說是真言密教流傳下來的姿勢。

安倍仲麻呂像 / 室町時代

安倍仲麻呂據說是在此地出生的奈良時代的日本人官僚。作為遣唐使前往中國，並且通過了科舉考試為當時的唐玄宗效力。據說現在的安倍寺遺址的旁邊有仲麻呂的房屋。從室町時代供奉至今的安倍仲麻呂的坐像，現在被安放在金閣浮御堂內。

安倍晴明像 / 室町時代

安倍晴明是在此地出生並在此做過天文觀測的陰陽師，作為陰陽道的祖師而聞名於世。同時本寺作為安倍一族的寺院也被列為安倍晴明信仰的聖地之一。安倍晴明像自古以來被當作晴明社的主神供奉著，現在被安放在金閣浮御堂內。

白山堂 / 室町時代

白山堂建立於室町時代。神殿的流造屋頂柿子葺（日式古建築的屋頂形式之一）採用了線條優美的唐破風（日式傳統建築手法之一）結構，被指定為日本國的重要文化遺產。在此供奉的神佛是全國的白山神社供奉的白山比咩神和同一神菊理媛神，守護此山。白山信仰和陰陽道自古以來就有很深的緣分，所以作為與安倍晴明有淵源的本寺也成為了白山神社的末社。根據《日本書紀》記載，菊理媛神是讓伊奘諾尊與伊奘冉尊結緣的神佛，菊理媛神的「菊理」的日語發音與「捆」的日語發音相同，因此自古以來作為姻緣之神而被信仰。「緣」是命中註定且具有偶然性，所以讓我們祈禱成就人與人之間的良緣。

在安倍晴明堂參拜，可以消災避難和避開不吉方位而獲得神的保佑。
據說安倍晴明為了觀測天象當時在此地登山修行。
從觀景台可以欣賞境內四季變化的美景，同時可以遠眺大和三山（畝傍山・耳成山・天之香具山）、藤原京、二上山、金剛山。春分和秋分的彼岸季，站在二上山可以欣賞落日夕陽。

文殊院 西古墳 / 指定特別史蹟 飛鳥時代（7世紀）

西古墳建造於飛鳥時代。是日本指定史蹟中定為特殊重要地位的「特別史蹟」。被指定為特別史蹟的古墳在全日本僅只有幾處，西古墳與奈良縣的明日香的石舞臺古墳、龜虎古墳、高松塚古墳齊名，在本寺境內就有兩處史蹟指定古墳。
西古墳的內部保持著大化元年（645）當時的原樣，使用的石材是加工過的優質花崗岩，左右兩側的石板完美對稱。另外，墓室的天花板是一整塊的岩石，面積有15㎡，中央部分被削成拱形。古墳內部的築造技藝之美也被公認為日本第一。現在，古墳內供奉著據說是弘法大師親手製作的「不動明王像」，傳說原本是大化元年第一任左大臣也是本寺的創建人安倍倉梯麻呂的墳墓。

約500株染井吉野櫻點綴著寺院境內。
建有金閣浮御堂的文殊池周圍種滿了櫻花樹，倒向池塘的盛開的櫻花倒映在水面上，堪稱「絕景」。
最佳觀賞期：3月下旬～4月中旬。